Congé de longue maladie des fonctionnaires : vos droits selon votre versant

Vous êtes fonctionnaire de l’État, d’une collectivité ou d’un établissement hospitalier et votre maladie exige des soins prolongés ? Le congé de longue maladie, ou CLM, peut être envisagé si votre état vous empêche d’exercer vos fonctions et répond aux critères médicaux requis. Il ne faut pas le confondre avec le congé de longue durée (CLD), réservé à certaines affections et soumis à des règles différentes.

Les droits dépendent notamment de votre versant : fonction publique de l’État (FPE), territoriale (FPT) ou hospitalière (FPH). Voici les conditions générales, les différences de rémunération, les démarches à prévoir et les points à vérifier avant une reprise.

Dans quelles situations le CLM peut-il être accordé ?

Le CLM concerne les fonctionnaires titulaires et stagiaires en activité ou en détachement. Il peut être accordé lorsque la maladie vous met dans l’impossibilité d’exercer vos fonctions, nécessite un traitement et des soins prolongés et présente un caractère invalidant et une gravité confirmée. Une liste de maladies existe, mais elle n’est pas limitative : une autre affection peut être examinée par le conseil médical. La décision ne découle donc pas uniquement du nom du diagnostic.

Pour faire le point sur les sujets liés à vos droits sociaux, retrouvez aussi les informations sur les droits sociaux. Si votre état relève d’une maladie reconnue en lien avec le travail, le CLM n’est pas forcément le dispositif pertinent : renseignez-vous également sur les droits après reconnaissance d’une maladie, car les règles et démarches diffèrent.

Quelle différence entre FPE, FPT et FPH ?

Le versant correspond à votre employeur public : l’État pour la FPE, une collectivité territoriale pour la FPT, un établissement public hospitalier pour la FPH. Les critères médicaux généraux et la durée maximale du CLM sont similaires, mais les règles de rémunération ne sont pas identiques. La page officielle du congé de longue maladie du fonctionnaire, vérifiée le 1er septembre 2026, distingue les trois versants.

Dans chacun, le CLM peut durer jusqu’à 3 ans et être utilisé de façon continue ou discontinue lorsque la maladie exige des soins périodiques. Il est accordé ou renouvelé par périodes d’au plus 6 mois. Après avoir bénéficié de la durée maximale, un nouveau CLM suppose en principe une reprise des fonctions pendant au moins 1 an.

Comment la rémunération varie-t-elle selon le versant ?

Comparez séparément le traitement indiciaire, les primes et les autres éléments de rémunération. Le traitement indiciaire est la rémunération calculée à partir de l’indice attaché à votre grade et à votre échelon. Ce n’est pas nécessairement le montant total que vous recevez habituellement.

• En FPE, le traitement indiciaire est maintenu à 100 % pendant 1 an, puis versé à 60 % pendant les 2 années suivantes. Les primes et indemnités suivent également des taux et conditions distincts.
• En FPT, le traitement indiciaire est maintenu à 100 % pendant 1 an, puis à 50 % pendant les 2 années suivantes. Le maintien ou la suspension des primes et indemnités dépend d’une délibération de la collectivité.
• En FPH, le traitement indiciaire est maintenu à 100 % pendant 1 an, puis à 50 % pendant les 2 années suivantes. L’indemnité de sujétion spéciale suit aussi des règles de maintien spécifiques.

Ces taux ne signifient pas que le même pourcentage s’applique à tous les composants de la paie. Par exemple, Service-Public.fr indique que l’indemnité de résidence et le supplément familial de traitement sont maintenus à 100 % pendant toute la durée du CLM dans les trois versants. Les règles relatives à la nouvelle bonification indiciaire, aux primes ou à l’indemnité de sujétion spéciale diffèrent. Demandez à votre gestionnaire de paie un décompte distinguant chaque ligne, en tenant compte de votre versant et de votre situation.

Quand le CLD peut-il remplacer le CLM ?

Le congé de longue durée est un congé distinct, ouvert pour cinq catégories d’affections : affection cancéreuse, déficit immunitaire grave et acquis, maladie mentale, tuberculose et poliomyélite. Il peut durer jusqu’à 5 ans, avec des périodes d’octroi ou de renouvellement de 6 mois. En règle générale, le CLD intervient à la fin de la première année de CLM rémunérée à plein traitement, mais des règles particulières s’appliquent au passage d’un congé à l’autre. Les conditions sont détaillées par Service-Public.fr pour le congé de longue durée, avec des règles examinées selon la FPE, la FPT ou la FPH.

À la fin de cette première année, vous pouvez demander à rester en CLM plutôt que d’opter pour un CLD. L’administration statue après avis du conseil médical. Ce choix mérite une vérification individualisée : les durées possibles et les éléments de rémunération ne sont pas les mêmes. En CLD, le traitement indiciaire est maintenu à 100 % pendant 3 ans puis à 50 % pendant 2 ans dans les tableaux officiels pour la FPE et la FPH ; la FPT doit être examinée selon ses règles propres. N’en déduisez pas que le CLD est automatiquement plus avantageux : le montant total dépend aussi des primes et de votre versant.

Comment présenter votre demande et suivre le dossier ?

Adressez votre demande à votre administration employeur, accompagnée d’un certificat médical. Le médecin transmet au secrétariat du conseil médical les éléments médicaux utiles. Le conseil médical rend un avis ; l’administration prend la décision de placement. Pour un renouvellement, présentez une demande accompagnée d’un certificat médical qui indique que le congé doit être prolongé et précise la durée envisagée.

Pour préparer votre dossier, vous pouvez suivre ces étapes :

1. Vérifiez votre statut, votre versant et l’interlocuteur compétent auprès de votre DRH.
2. Demandez à votre médecin le certificat et les documents médicaux nécessaires, sans transmettre inutilement de données médicales à votre service administratif.
3. Envoyez la demande selon la procédure de votre employeur et conservez une copie datée ainsi qu’une preuve d’envoi.
4. Suivez la convocation et les demandes éventuelles du conseil médical. Vous pouvez consulter votre dossier et présenter des observations ; les modalités précises varient selon le versant.
5. Avant la fin de chaque période accordée, anticipez la demande de renouvellement et faites vérifier la date limite auprès de votre administration.

Pour un fonctionnaire territorial, l’administration dispose de 3 semaines pour transmettre la demande au secrétariat du conseil médical. À défaut de transmission dans ce délai, vous pouvez lui adresser directement un double par lettre recommandée avec avis de réception, ce qui vaut saisine. Cette règle indiquée pour la FPT ne doit pas être transposée automatiquement aux autres versants.

Quels éléments vérifier pendant le congé et avant la reprise ?

Le CLM peut être fractionné, mais les droits à rémunération se calculent alors selon un système de période de référence mobile de 4 ans. Une absence n’est donc pas toujours décomptée comme un bloc isolé : demandez un relevé des périodes déjà prises et la simulation de rémunération correspondante. En outre, l’administration peut demander au moins un examen médical de contrôle par an. Le refus de s’y soumettre peut interrompre le versement de la rémunération.

Pendant le congé, vous devez notamment cesser toute activité rémunérée, sauf activité de réadaptation ordonnée et contrôlée médicalement, informer l’administration d’un changement de domicile et lui signaler une absence du domicile de plus de 2 semaines, sauf hospitalisation. Vous devez aussi vous soumettre aux contrôles médicaux prévus. Ne partez pas du principe qu’un arrêt médical dispense de ces obligations administratives.

La reprise nécessite un certificat médical d’aptitude. Après 3 ans de CLM, ou lorsque les fonctions exigent des conditions de santé particulières, l’avis favorable du conseil médical est requis. Si votre état le justifie, le poste peut être adapté. En cas d’inaptitude aux fonctions antérieures, des solutions telles que le reclassement ou la disponibilité peuvent être examinées selon votre situation ; elles ne sont pas automatiques.

Pour vérifier votre situation, demandez par écrit à votre administration la décision de congé, les dates retenues, le décompte de vos droits, le détail des éléments de rémunération et les conditions de renouvellement ou de reprise. Les informations officielles disponibles au 30 octobre 2026 sont des repères généraux : en cas de désaccord sur votre dossier ou de conséquence importante sur vos revenus ou votre carrière, sollicitez votre DRH, le conseil médical ou un professionnel du droit compétent.

Questions fréquentes

Un contractuel peut-il demander un congé de longue maladie ?

Le CLM présenté ici concerne les fonctionnaires titulaires et stagiaires. Si vous êtes contractuel, ne partez pas du principe que ces règles s’appliquent à votre situation : vos droits relèvent d’un régime distinct. Demandez à votre service des ressources humaines de préciser le congé applicable à votre statut, les justificatifs requis et les conséquences sur votre rémunération.

Le CLM peut-il être accordé pour une maladie qui ne figure pas sur la liste ?

Oui, la liste des maladies ouvrant droit au CLM n’est pas limitative. Une affection qui n’y figure pas peut être examinée après avis du conseil médical, si elle répond aux critères d’incapacité à exercer, de soins prolongés et de gravité confirmée. C’est l’étude médicale du dossier qui permet d’apprécier la demande ; le diagnostic seul ne garantit donc pas l’octroi du congé.

Le congé de longue maladie réduit-il les droits à l’avancement ?

Le temps passé en CLM est sans effet sur les droits à l’avancement d’échelon et de grade. Il ne réduit pas non plus les droits aux autres congés cités par Service-Public.fr, sous réserve des règles propres à chaque congé. En revanche, les périodes de CLM ne donnent pas droit à des RTT. Vérifiez aussi les modalités applicables aux congés annuels non pris.

Que se passe-t-il après trois ans de CLM si je ne peux pas reprendre ?

La situation dépend de votre aptitude et de votre statut, notamment si vous êtes titulaire ou stagiaire. Le conseil médical peut examiner les suites possibles, qui peuvent comprendre un reclassement, une disponibilité d’office si l’état peut évoluer, ou une retraite pour invalidité dans les conditions prévues. Prenez contact avec votre administration avant l’échéance pour connaître la procédure et les pièces attendues.